В принципе если посмотреть планы запросов то все становится на свои места.

В первом случае при построении фильтра в конструкции in разворот запроса начинается с таблицы goodssupply c ее фуллсканом.

Во втором случае разворот фильтра начинается с таблицы goodsparties по индексу с наложением условий, что в вашем случае обеспечивает более высокую скорость выполнения т.к. происходит ограничение выборки от партий к запасам, а не как в первом случае полный просмотр всех запасом для отбора по условию restfact, соединение с таблицей партий и толко после этого наложение остальных условий.

У меня к сожалению таблицы пустые, выложите свои планы и все станет понятно